特色专科-4008云顶国际集团
癫痫中心以癫痫诊断和治疗为核心业务，集癫痫内科、癫痫儿科、癫痫外科、神经心理、神经生理为一体的综合学科。该中心在国内老一辈知名学者沈鼎烈教授、李龄教授、朱丹副院长等的带领下成立于1998年。
脑瘫诊疗中心是以当今国际先进的脑瘫治疗理念为基础，集神经内、外科、脊柱外科、矫形外科、儿科及康复科为一体，以其突出的专业优势和专家优势对脑瘫病人进行精确的诊断和细致的评估，并做全面、综合、系统的治疗。
神经康复科系广东三九脑科医院重点建设学科，集康复医学、神经病学、内科学、中医学于一体。拥有教授、主任医师等4名，主治医师3名，康复护士18名，治疗师55名。
医院重点学科之一。是三九脑科医院规范化建设、管理的示范学科。下设三个子学科：神经内一科、内二科、内三科（癫痫内科及癫痫儿科）。
医院重点建设学科，是以各类脑肿瘤、脑神经疾病、脑血管病的手术和介入治疗为重点的综合神经外科。下设三个部7个子学科：外科i部（含颅底神经外科、肿瘤神经外科）；外科ii部（含微侵袭神经外科、血管神经外科、癫痫外科、外科iii部（含小儿神经外科、综合神经外科）。
学科充分利用医院先进的神经、心理检测设备（如脑磁图、磁共振、多导生理纪录仪、神经诱发电位检测仪、睡眠分析仪等），发挥专家队伍在精神心理疾病诊断、心理咨询和心理干预、针对不同疾病具有特色的综合治疗等优势，在各种精神心理疾患的诊疗上积累了较为丰富的经验。
三九脑科医院肿瘤综合治疗中心已拥有美国varian直线加速器；日本东芝模拟定位机；美国rsa第五代x刀；主要使用的是国际上放疗界最先进的放射治疗设备——德国brainlab适形调强放疗系统，实施三维适形调强（imrt）放射治疗，具有治疗精确、肿瘤治愈率高，副反应低等特点。
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